El artículo 29 de la LGT (Ley 58/2003), con referencia a las obligaciones tributarias formales, señala:

• d. La obligación de llevar y conservar libros de contabilidad y registros, así como los programas, ficheros y archivos informáticos que les sirvan de soporte y los sistemas de codificación utilizados que permitan la interpretación de los datos cuando la obligación se cumpla con utilización de sistemas informáticos. Se deberá facilitar la conversión de dichos datos a formato legible cuando la lectura o interpretación de los mismos no fuera posible por estar encriptados o codificados.
  En todo caso, los obligados tributarios que deban presentar autoliquidaciones o declaraciones por medios telemáticos deberán conservar copia de los programas, ficheros y archivos generados que contengan los datos originarios de los que deriven los estados contables y las autoliquidaciones o declaraciones presentadas. 
• f. La obligación de aportar a la Administración tributaria libros, registros, documentos o información que el obligado tributario deba conservar en relación con el cumplimiento de las obligaciones tributarias propias o de terceros, así como cualquier dato, informe, antecedente y justificante con trascendencia tributaria, a requerimiento de la Administración o en declaraciones periódicas. Cuando la información exigida se conserve en soporte informático deberá suministrarse en dicho soporte cuando así fuese requerido.

Ya de forma específica, el artículo 133.1 del TRLIS (RDLeg 4/2004) dispone que “los sujetos pasivos de este impuesto deberán llevar su contabilidad de acuerdo con lo previsto en el Código de Comercio o con lo establecido en las normas por las que se rigen”.

Y por su parte, el artículo 30 del Código de Comercio establece que “los empresarios conservarán los libros, correspondencia, documentación y justificantes concernientes a su negocio, debidamente ordenados, durante seis años, a partir del último asiento realizado en los libros, salvo lo que se establezca por disposiciones generales o especiales”.

Y finalmente, volviendo a la LGT, el artículo 70, bajo la rúbrica de efectos de la prescripción en relación con las obligaciones formales, dispone lo siguiente:

• 2. A efectos del cumplimiento de las obligaciones tributarias de otras personas o entidades, las obligaciones de conservación y suministro de información previstas en los párrafos d, e y f del apartado 2 del artículo 29 de esta Ley deberán cumplirse en el plazo previsto en la normativa mercantil o en el plazo de exigencia de sus propias obligaciones formales al que se refiere el apartado anterior, si este último fuese superior. 
• 3. La obligación de justificar la procedencia de los datos que tengan su origen en operaciones realizadas en períodos impositivos prescritos se mantendrá durante el plazo de prescripción del derecho para determinar las deudas tributarias afectadas por la operación correspondiente”.

Y el artículo 106.4 de la LGT, con referencia a las normas sobre medios y valoración de la prueba, dispone que “en aquellos supuestos en que las bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación o las deducciones aplicadas o pendientes de aplicación tuviesen su origen en ejercicios prescritos, la procedencia y cuantía de las mismas deberá acreditarse mediante la exhibición de las liquidaciones o autoliquidaciones en que se incluyeron la contabilidad y los oportunos soportes documentales”. Y de modo similar se expresa el artículo 25.5 del TRLIS.

En consecuencia, del conjunto de artículos descritos podemos concluir lo siguiente:

• Plazo mínimo de conservación: El plazo mínimo de conservación es de seis años tal como dispone el Código de Comercio.

• Interrupción de la prescripción: El plazo de seis años que establece la normativa mercantil cubre de forma suficiente el plazo de prescripción de cuatro años de las obligaciones tributarias; no obstante, cuando la prescripción se interrumpe, puede determinar la necesidad de conservar los libros por encima del plazo mínimo de seis años, ya que la obligación tributaria todavía no ha prescrito. Y así lo establece de forma expresa el inciso final del artículo 70.2 LGT.

• Datos con origen en ejercicios prescritos: Finalmente hay que considerar la necesidad de justificar las bases u otras partidas pendientes de compensar procedentes de ejercicios prescritos. En estos casos la normativa (artículos 106.4 LGT y 25.5 TRLIS) señala que deberán exhibirse los libros contables para poder ejercer el derecho a la compensación. De este modo, si las bases imponibles negativas se pueden compensar con las rentas positivas de los 15 ejercicios inmediatos siguientes, podría llegarse a la situación máxima de conservar la contabilidad durante un plazo de 19 años (15+4), más los efectos de la interrupción de la prescripción que se pueda producir.